A Secoya iniciou o trabalho no campo da saúde em 1991 com ações pontuais no território  Yanomami do Médio Rio Negro com o objetivo de atender situações de saúde de extrema gravidade (tuberculose e malária) e implantação dos primeiros serviços de saúde no rio Marauiá.

De 1999 a 2009 a Secoya ampliou a sua intervenção no campo da saúde através de convênios com a Fundação Nacional de Saúde - FUNASA, prestando assistência básica de saúde através do Subsistema de Saúde Indígena no âmbito do Distrito Sanitário Especial Yanomami e Ye’kuana-DSY para a população Yanomami dos municípios de Barcelos e Santa Isabel do Rio Negro. A partir de 2008 ampliou sua atuação para atender a grave situação de saúde do Estado de Roraima, passando a assistir cerca de 13 mil Yanomami e Ye´kuana em 188 aldeias nos estados de Roraima e Amazonas.

Após um ano de atuação em Roraima e em decorrência dos graves problemas que envolveram a saúde indígena naquele estado, a Secoya não renovou o convênio com a Funasa. Diante da realidade complexa de assistência da saúde destinada a população Yanomami, e repensando o seu papel na qualidade de instituição indigenista que assumiu um compromisso na luta pela defesa dos direitos e pelo bem-estar do povo Yanomami, a Secoya está atualmente reorientando suas ações no campo da educação em saúde.