O trabalho de Educação teve inicio em 1994, com o desenvolvimento de atividades escolares priorizando a alfabetização na língua materna, no sentido de firmar um processo de aprendizagem através do domínio lingüístico e da valorização da cultura Yanomami, antes de introduzir o ensino da língua portuguesa.

Atualmente, a Secoya atua em 7 escolas localizadas nas calhas dos rios Marauiá, Demini e Aracá, onde os professores Yanomami em formação ministram diretamente as aulas, com supervisão da equipe da Secoya. Pretende-se obter do Ministério de Educação, o reconhecimento legal da formação de professores Yanomami assim como o das escolas em sua perspectiva diferenciada.

A Secoya desenvolve ainda de modo complementar ao programa de educação, a alfabetização e preparação dos Agentes Indígenas de Saúde - AIS, para que estejam habilitados a ingressar no programa de formação específica elaborado pelo Ministério da Saúde.