A filosofia de trabalho da Secoya prioriza efetivamente a participação e capacitação dos Yanomami enquanto principais atores na defesa de seus direitos. Nessa perspectiva, diversas ações vêm sendo realizadas procurando fortalecer o processo organizativo dos Yanomami do Amazonas, de modo articulado com a Hutukara, em Roraima.

Além disso, o controle social representa para a Secoya uma prioridade, procurando garantir que este seja efetivo enquanto instrumento de participação dos representantes Yanomami nos processos de decisão, tomando conhecimento, avaliando, planejando ou intervindo em relação às ações do estado, da Secoya ou de outros parceiros na área indígena.