No enfrentamento dos desafios para garantia da autonomia do Povo Yanomami, a Secoya conta com a parceria administrativa da Associação de Assessoria aos Povos da Floresta (Aflora). Juntas, as entidades desenvolvem atividades articuladas em frentes de trabalho complementares na perspectiva de apoiar o povo Yanomami na defesa de seus direitos e na consolidação da governança do povo através de ações educativas e afirmativas, bem como de participação cidadã nas políticas públicas, além de propostas pilotos e inovadoras favorecendo a gestão territorial e ambiental numa perspectiva sustentável.